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你好，你不需要直接去上海办理的，去了也是白去，因为日本领事馆不接受任何个人递送的材料，你可以通过南京的国籍旅行社（比如说萨家湾中山北路中国银行旁边的中旅），或者是签证代办公司送签，
南京被认可的有资质的旅行社如下：
序号 旅 行 社 名 称 地 址 联系电话
1 江苏海外旅游公司 南京市中山北路255号 83538610
（南京中国国际旅行社）
2 江苏省中旅旅行社 南京市中山北路313号 83429426
3 江苏省中国青年旅行社 南京市汉中路160号 86792568
4 江苏中山国际旅行社 南京市中山北路204号 83429700 84209001
5 江苏东方航空国际旅行社 南京市洪武南路334号 84567125
6 江苏招商国际旅游公司 南京市中山北路313号 83471975
7 江苏金陵商务国际旅行社 南京市汉中路2号 84704997 83369358
(金陵饭店)
8 南京海外旅游公司 汉中路218号
金鹏大厦C座9楼 86292666
9 南京中北友好国际旅行社 中山南路400号南楼 52856618
10 中国康辉南京国际旅行社 新模范马路17号2楼 83304588
11 南京招商国际旅游公司 南京市汉中路89号
金鹰国际商城21楼C座 84786976
12 江苏舜天海外旅游公司 湖南路181号
轻工大厦20楼 83336368
13 江苏锦江华特国际旅行社 中山北路225-1号一楼 83477779